主線關卡是遊戲中故事進行的關卡，在陰陽師升到特定的等級之後就會逐步開啟。
在主線關卡中會有特定的故事以及一些相關的戰鬥，通過之後可能獲得特定的獎勵。
通過故事之後，還可以隨時進行「探索」和「挑戰」，後者需要先由探索發現妖怪之後，才可進行。
二者都是包括數個戰鬥，獲勝後可獲得獎勵。
探索關卡有可能會發現妖氣封印
